Larini, eu tive alguns problemas com lentidão com os scritps, as vezes até parecia que estava travado , o que eu fiz foi apagar o cache do ivy (USER_HOME/.ivy2/cache) e os comandos voltaram a executar rapidamente. Tenta fazer o backup da pasta cache e pode apagar ela, o grails se responsabiliza em organizar o cache novamente.
As vezes não é o cache que está deixando lento e sim a quantidade de tabelas que você possui, neste caso não sei como poderia ser feito uma otimização.
Se o seu DataSource está create-drop, com 2500 tabelas vai ficar lento que qualquer forma. Se for um banco diferente do hsqldb também vai impactar na velocidade na hora de criar e dropar as tabelas.
Tente usar hsqldb com update e com banco em arquivo.