Toni, como eu vou construindo a aplicação progressivamente, conforme vou testando eu prefiro com certeza, deixar o grails gerar a estrutura, mexo apenas nos indices, e verifico as melhores opções para relacionamentos.
Tenho trabalhado ultimamente com uma base legado(oracle) e não encontrei dificuldade de mapear as classes de acordo com as tabelas já existente, a única implicação é o mapeando dos nomes das tabelas, colunas e sequências.
No meu caso não encotrei dificuldade, só tive que escrever um pouco a mais nas classes de dominio.
Customização : http://grails.org/doc/latest/guide/GORM.html#ormdsl
Eu também trabalho com bases legadas em SqlServer, e não tenho problemas, também, porém eu prefiro criar com o Grails :-)
Massa, tow começando agora e já afim de mandar umas apps. Só que ainda estou tendo dificuldade em relacionar duas classes ! Alguem sabe dzer algo a respeito ?!