Acredito que existem 2 pontos a serem explorados.

O primeiro é de que se na sua base existe esta distinção, já que a Domain é um mapeamento das suas bases, trazendo em sua composição uma série de benefícios, que você deve saber quais já. No caso que você exemplificou, este relacionamento seria de 1:1. Precisa ver se é isto que você realmente quer fazer.

O segundo ponto é de que se isso é um abstração de OO, onde você aproveita seu objeto usuário para estender a Funcionário e Cliente, para atribuição das devidas regras de negócio então pode utilizar mais as classes Groovy para isso.

Espero que minha resposta possa ser útil e que lhe valha de algo.

Abs e boa sorte com o projeto.

Brother eu já fiz algo do tipo, e como um funcionário ou um cliente é um usuário eu criaria uma classe USuário (Groovy) e minhas classes de domínio funcionário e cliente estenderiam essa classe Usuario, assim o funcionario e o cliente seriam usuários, agora lembre-se, pra você conseguir acessar os atributos do Usuário na classe de domínio é preciso gerar os gets e sets da classe groovy (Usuário), só to avisando porque a gente acostuma sem ter que declarar get e set e acaba esquecendo e tendo dificuldade em saber porque nao ta funcionando... Abraço!!

Dae..

Para solucionar o meu problema eu fiz o seguinte:

Criei uma classe Pessoa.
Nas classes Cliente e Funcionario eu coloquei um extends para Pessoa.
Em User coloquei uma relação com pessoa.

Obrigado pela dica ai galera !!

abraço