Você pode gerar o arquivo war sem as dependências. Use o comando grails --nojars. Isto gerará o arquivo war contendo apenas o seu código fonte.

Porém, lembre-se: as dependências precisarão estar presente no seu servidor de aplicações para que o seu sistema funcione. Este procedimento, de incluir as dependências no servidor de aplicações, irá variar de acordo com o servidor.

Existe uma outra maneira, pode parecer um pouco trabalhosa inicialmente, mas depois o seu deploy seria feito com um clique.
Você pode instalar um serviço de integração continua (jenkins por exemplo) no seu servidor e deixar este serviço gerar o war e fazer o deploy pra você, tornando desnecessário a geração e o envio do war de sua parte para o servidor.
O prórpio jenkins do exemplo citado pode ser instalado via apt-get (se seu servidor for linux) e possui inumeros plugins que te ajudariam no deploy.

Oi Vrcarvalho,
Neste caso você vai apenas simplificar o deploy e ativar a integração continua, mas tirando isto, há alguma forma de pelo Jenkins/Hudson você conseguir reduzir ainda mais o tamanho do War?

Olá Henrique,
a unica forma que imagino é gerar o war via jenkins/hudson da mesma forma que você citou anteriormente, com o comando grails --nojars.