Completando tive que alterar o arquivo e ficou dessa forma, pois se alterar o arquivo em desenvolvimento não funciona. Com o código abaixo funciona em desenvolvimento e produção. 

if (!project.hasProperty('grailsEnv') || project.grailsEnv.equals('prod')) {
   provided "org.springframework.boot:spring-boot-starter-tomcat"     
    }else{
         compile "org.springframework.boot:spring-boot-starter-tomcat"
    }