Eu tive problemas parecido, no meu caso a aplicação não subia no jetty de forma alguma porém não dava erro quando tentava acessar a aplicação no browser, simplesmente aparecia uma página listando as diretórios e arquivo do meu war.
Pegando o mesmo arquivo war e adicionando ao tomcat tudo funcionava porém um consumo muito alto de memória o que me fez desistir de usar a versão 3 e usar a 2.5.3.

Marcio, apenas um chute: você incluiu a instrução abaixo no build.gradle, certo?

provided "org.springframework.boot:spring-boot-starter-tomcat"

Ela inclui dentro da sua aplicação os arquivos jar do Tomcat. Dentre estes, pode ser que estejam alguns que entrem em conflito com o Jetty no momento em que este é carregado. Minha sugestão é que você tire esta instrução e tente novamente.

Se der erro, poste o stacktrace aqui para que eu possa dar uma olhada, ok?

Bom dia pessoal, quando eu retiro vou gerar o WAR, obtenho:

FAILURE: Build failed with an exception.

* What went wrong:
Execution failed for task ':compileGroovy'.
> javax/servlet/http/HttpServletRequest

* Try:
Run with --stacktrace option to get the stack trace. Run with --info or --debug option to get more log output.

BUILD FAILED

Isso é muito estranho já resolvi o problema da dependencia, eu tenho uma aplicação com grails 2.5.3  no jetty usando datasource BoneCP, porém com o WAR gerado com essa nova aplicação com grails 3.0.11:

Suppressed: javax.servlet.ServletException: groovyPagesServlet@bd3d690f==org.grails.web.pages.GroovyPagesServlet,-1,false
        at org.eclipse.jetty.servlet.ServletHolder.initServlet(ServletHolder.java:647)
        at org.eclipse.jetty.servlet.ServletHolder.initialize(ServletHolder.java:405)
        at org.eclipse.jetty.servlet.ServletHandler.initialize(ServletHandler.java:875)
        ... 40 more
    Caused by: java.lang.NullPointerException
        at org.springframework.web.servlet.FrameworkServlet.initServletBean(FrameworkServlet.java:483)
        at org.springframework.web.servlet.HttpServletBean.init(HttpServletBean.java:136)
        at javax.servlet.GenericServlet.init(GenericServlet.java:244)
        at org.eclipse.jetty.servlet.ServletHolder.initServlet(ServletHolder.java:626)
        ... 42 more
    Suppressed: javax.servlet.ServletException: jsp@19c47==org.eclipse.jetty.jsp.JettyJspServlet,0,false
        at org.eclipse.jetty.servlet.ServletHolder.initServlet(ServletHolder.java:647)
        at org.eclipse.jetty.servlet.ServletHolder.initialize(ServletHolder.java:405)
        at org.eclipse.jetty.servlet.ServletHandler.initialize(ServletHandler.java:875)
        ... 40 more
    Caused by: java.lang.NullPointerException
        at org.eclipse.jetty.servlet.ServletHolder.initJspServlet(ServletHolder.java:683)
        at org.eclipse.jetty.servlet.ServletHolder.initServlet(ServletHolder.java:613)
        ... 42 more
    Suppressed: javax.servlet.ServletException: default@5c13d641==org.eclipse.jetty.servlet.DefaultServlet,0,false
        at org.eclipse.jetty.servlet.ServletHolder.initServlet(ServletHolder.java:647)
        at org.eclipse.jetty.servlet.ServletHolder.initialize(ServletHolder.java:405)
        at org.eclipse.jetty.servlet.ServletHandler.initialize(ServletHandler.java:875)
        ... 40 more
    Caused by: java.lang.NullPointerException
        at org.eclipse.jetty.servlet.DefaultServlet.getInitParameter(DefaultServlet.java:347)
        at org.eclipse.jetty.servlet.DefaultServlet.getInitBoolean(DefaultServlet.java:356)
        at org.eclipse.jetty.servlet.DefaultServlet.init(DefaultServlet.java:195)
        at javax.servlet.GenericServlet.init(GenericServlet.java:244)
        at org.eclipse.jetty.servlet.ServletHolder.initServlet(ServletHolder.java:626)
        ... 42 more
    Suppressed: javax.servlet.ServletException: grailsDispatcherServlet@3fb1da4==org.grails.web.servlet.mvc.GrailsDispatcherServlet,2,false
        at org.eclipse.jetty.servlet.ServletHolder.initServlet(ServletHolder.java:647)
        at org.eclipse.jetty.servlet.ServletHolder.initialize(ServletHolder.java:405)
        at org.eclipse.jetty.servlet.ServletHandler.initialize(ServletHandler.java:875)
        ... 40 more
    Caused by: java.lang.NullPointerException
        at org.springframework.web.servlet.FrameworkServlet.initServletBean(FrameworkServlet.java:483)
        at org.springframework.web.servlet.HttpServletBean.init(HttpServletBean.java:136)
        at javax.servlet.GenericServlet.init(GenericServlet.java:244)
        at org.eclipse.jetty.servlet.ServletHolder.initServlet(ServletHolder.java:626)
        ... 42 more