Pedro,

já verificou se o problema não é o código que está no seu bootstrap? O IDEA costuma ter um desempenho bacana.
Faça o seguinte teste: execute o bootstrap uma vez.
Na segunda, simplesmente o comente para ver se inicia mais rápido. Às vezes o problema é no seu código: já vi isto acontecer algumas vezes. :)

Oi Kiko... claro que o  Bootstrap demora, mas quando fazemos um deployment (via war file) localmente, anda bem rápido.
Mesmo para fazer um simples login (isto já depois de ter carregado as tabelas via bootstrap) a coisa fica lenta...

Oi Pedro,

entendi, é que este é um equívoco muito comum. Vou te passar uma dica então que me ajuda bastante nestes casos não só com o IntelliJ, mas com qualquer IDE. É o uso de um RAM disk, já viu isto? Essencialmente é um sistema de arquivos que reside em sua memória RAM, e não no disco rígido.
No Linux temos inclusive um tipo de sistema de arquivos neste formato (https://www.jamescoyle.net/how-to/943-create-a-ram-disk-in-linux).
O que faço é criar um script que execute duas ações:
1) Cria o ramdisk
2) Copia a instalação da IDE para este disco e a executa a partir dali

O ganho de desempenho é excepcional.

Se estiver usando o Ubuntu, especialmente a versão 16.04, minha sugestão é buscar por problemas envolvendo esta versão da distribuição e o IntelliJ. Digo isto por que tive *muitos* problemas com o STS e, quando fui analisar, a questão envolvia mais o Ubuntu que o Java.

Outro ponto: se possível, use o JDK oficial disponibilizado pela Oracle, e não o OpenJDK.

Oi Kiko. Interessante a solução.
Eu utilizo Windows 10 Professional. Tem alguma dica de software para a criação do RAM Disk?

Obrigado

Pedro, dá uma olhada neste post: https://www.tekrevue.com/tip/create-10-gbs-ram-disk-windows/

O único inconveniente que você pode ter no Windows é o fato dele demorar demais quando iniciamos um processo de cópia de vários arquivos, mas não custa tentar!

Pedro, já tive problemas igual ao seu,  conforme a aplicação ficava maior o Intelejj Idea ficava mais lento. 
Aí um amigo me deu a dica: Seta o VM options do Intellej com as configurações de memória da documentação do Grails. Melhorou e muito a performance.
Só colar (Para GRAILS 3.X) no VM options :   -server -Xmx768M -XX:MaxPermSize=256m

Olá Reinaldo,

Você consegue configurar Grails 3.x para IntelliJ IDEA 14.1.7 64- bit?

Pedro, infelizmente não.
Mas como o Grails 3.X usa o Gradle é possível usar a versão free, atual,  do Intellij.