Costumo evitar este tipo de problema adotando a estratégia, em meus mapeamentos, do que chamo de "Pai inconsequente", isto é: apenas as terminações sabem qual a entidade pai, e o pai não sabe dos filhos relacionados.
Com isto evito por exemplo o contrário, de estar salvando no pai e automaticamente todos os filhos serem atualizados de forma acidental. Infelizmente, não sei se é possível controlar o comportamento dos eventos de persistência no Hibernate. Na documentação do GORM sei que não há nada falando a este respeito: entretanto pode ser que, pelo fato deste ser baseado no Hibernate, na documentação do Hibernate haver alguma configuração (talvez de mapeamento) que impeça este comportamento (mas acho muito pouco provavel que exista)